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Roger Casals co-authors a Benchmarking study on Multimodal Gene Regulatory Networks

By |2026-09-01T09:35:56+00:00December 27, 2024|CBBL News, News, PhD, Publications|

We are thrilled to announce the publication of a new preprint, “Comparison and evaluation of methods to infer gene regulatory networks from multimodal single-cell data”, led by Pau Badia-i-Mompel as the first author, with contributions from Roger Casals and the Saez-Lab team.

In this work, we present Gene Regulatory nETwork Analysis (GRETA), a comprehensive framework designed to infer, compare, and evaluate gene regulatory networks (GRNs). Using GRETA, we benchmarked both multimodal and unimodal GRN inference methods, setting a foundation for future advancements in the field.

GRETA graphical abstract

This preprint is an important step in understanding multiomic gene regulatory networks and reflects the collaborative efforts of the Saez-Lab, under the leadership of Julio Saez-Rodriguez.

Check out the results and tools here:

If you want to stay updated or join the discussion, check out our announcement on BlueSky.

 

 

FRIDAY Nov.18th – 11h; Structural Biology Seminar (Dr. Agustí Emperador)

By |2026-09-01T09:39:47+00:00November 16, 2011|CBBL News, News, Research, Scientific outreach|

PRBB structural biology seminar

Dr. Agustí Emperador, Institut for Research in Biomedicine (IRB, Barcelona)

“Protein flexibility in docking with discrete molecular dynamics simulations”

The aim of protein-protein docking is to predict how two proteins associate to form a complex. This means determining where will be the interface. This is a complex problem with many degrees of freedom. To reduce the sampling space, in general both proteins are considered to be rigid bodies (rigid docking). This reduces the problem to 6 degrees of freedom (3 for translation and 3 for rotation). The rigid body docking is a rude approach, since the proteins have flexibility and may undergo relevant conformational changes upon binding to the other protein when forming the complex. We have used discrete molecular dynamics (DMD) simulations to include the protein flexibility in docking configurations, and we have improved the predictive power of the method. DMD is a simplified molecular dynamics method much faster than standard MD, specially for systems with less that 10^3 particles.

Friday, November 18th 2011; 11:00-12:00
Seminar Room “Xipre” 173.06 (PRBB – 1st floor)

Researchers in trouble at the CIPF, Valencia

By |2026-09-01T09:39:57+00:00November 9, 2011|CBBL News, News|

I reprduce here the original letter sent by Rafael Pulido, from the CIPF, where he explains the current loss of jobs at his institution. This is a warning on the starting to be dramatical situation of the Spanish research system, a system that has consolidated in the last decades as probably the most active in the South of Europe.

ERE EN EL CIPF DE VALENCIA

Estimados compañer@s,

Sorprendentemente, la mayor parte de los científicos españoles sigue sin saber que en el Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF) de Valencia se ha puesto en marcha, hace dos semanas, un severísimo ERE (sí, leéis bien: un expediente de regulación de empleo) que va a dejar en la calle a más de 100 personas de este centro de investigación (entre personal científico y de apoyo). La causa aducida para el ERE es de tipo económico, debido principalmente a la reducción de más del 50% en el presupuesto de funcionamiento del CIPF, que procede de la Conselleria de Sanitat de la Generalitat Valenciana. El ERE presentado contempla el cierre de 16 laboratorios, 14 líneas de investigación y la mayoría de los servicios tecnológicos, lo que supone el despido de todo el personal científico de los grupos (sí, leéis bien: de todo el personal científico, incluidos los técnicos, becarios, investigadores principales…) y la cancelación y renuncia, por parte del CIPF, de todos los proyectos de esos grupos (sí, leéis bien: proyectos del MICINN, FIS, etc). El resto de laboratorios no se libra, y su personal también se reducirá drásticamente. En tales circunstancias, las agencias financiadoras ya han empezado a anunciar la retirada de las subvenciones de proyectos concedidas a los grupos, porque consideran que éstos no podrán llevar a cabo la investigación para la que fueron concedidos los proyectos. Por si fuera poco, en paralelo a este ERE se ha abierto otro expediente que contempla una reducción salarial, para los que se queden en el centro, de hasta el 60%. El CIPF, que aspiraba a ser el buque insignia de la investigación biomédica en la Comunidad Valenciana, se ha convertido en pocos años, gracias a una nefasta gestión y al abandono de las subvenciones por parte de la Generalitat, en el barco fantasma de la ciencia española. Es la primera vez que un ERE de tal magnitud se aplica a un centro de investigación en Europa, posiblemente en el mundo, y sus consecuencias para la investigación biomédica en España, y sobre todo en la Comunidad Valenciana, van a ser devastadoras. Recibís este correo porque creemos que toda la comunidad científica (investigadores, sociedades científicas, agencias financiadoras, etc) tiene que ser conocedora de esta situación. Por favor, difundid este mensaje en vuestra red de contactos científicos porque, sorprendentemente, la mayoría de los profesionales que hacen ciencia en España siguen sin estar informados del ERE del CIPF. Adjuntamos dos “pósters” (castellano e inglés) que también os animamos a difundir.
Podéis obtener fácilmente información sobre el ERE del CIPF en cualquier buscador, o accediendo a nuestro blog: http://concienciavalencia.blogspot.com

Un saludo

Rafael Pulido Investigador Jefe del Laboratorio de Biología Molecular del Cáncer del CIPF Presidente del Comité de Empresa del CIPF

“La ciencia que permitió descifrar el genoma” La Gaceta de Tucumán, 04/10/08

By |2026-09-01T09:40:39+00:00November 4, 2008|CBBL News, Group, News|

En los institutos de la UNT comienza el interés por la bioinformática, una disciplina en expansión en Europa y en EEUU

En la voz de Jordi Villá, que acaba de protagonizar una de las tantas historias de reencuentros entre los españoles bajados de los barcos y los que se quedaron en el terruño, hay entusiasmo. “Cuando le dije a mi padre que venía a un curso en Tucumán, él no lo podía creer. Y yo tampoco: yo me había criado en mi pueblo, en Masnou, viendo el libro de Andrés Villá que vosotros tenéis allí en vuestro archivo”, contó Jordi.
Para los más jóvenes: Andrés Villá fue un artista catalán (dibujante y humorista) tucumano por adopción, que a lo largo de 33 años ininterrumpidos acompañó a los lectores de LA GACETA con su “Nota del día”, una viñeta de humor costumbrista.
Una vez en Tucumán, alguien, en el curso, le dijo a Jordi: “no sólo sabemos quién fue Andrés Villá; también podemos contarte que él tuvo dos hijas: una es María Isabel, que trabaja en LA GACETA; la otra se llamaba Nuria, y falleció hace poco tiempo”. De ahí al abrazo con la prima- y un largo café, para ponerse al día sobre la saga familiar – no hubo más que un trecho.
Doctor en Química y experto en bioinformática (dirige una maestría en esa disciplina en la Universidad Pompeu Fabra, de Barcelona), participó con otros colegas en Tucumán en un curso financiado por la Universidad de Andalucía que organizaron el Conicet y la UNT.

-¿Qué es la bioinformática?
– Es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como: biología, computación, química e ingeniería. Sin ella no habría sido posible la secuenciación del genoma humano. Hay cinco grandes bloques: la bioinformática biomédica; la genómica computacional; la bioinformática estructural (trata de entender las estructuras de las proteínas, sus propiedades); el diseño de fármacos y la biología de sistemas, que es el uso de la informática para estudiar la biología: tomas una célula, y con el ordenador intentas hacer simulaciones, para ver cómo funciona esa célula. Aunque esto es todavía un poco ciencia- ficción.

– ¿Podemos decir que en la bioinformática el ordenador llega adonde no llega el ojo en el laboratorio?
– Podemos. El mundo de la bioinformática está en plena expansión. Hay quienes afirman que en 10 años la biología va a ser computación en un 50 %.

– ¿A qué atribuye que la bioinformática no se haya desarrollado todavía en la Argentina?
– Argentina es muy potente en ciencia; exporta muchos investigadores muy buenos. Es probable que lo que haya ocurrido aquí sea la organización de la Universidad, compartimentada. Quizás falte esa mirada sistémica, interdisciplinar, que exige la bioinformática.

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