El CERM fa anualment l’avaluació d’estat ecològic de diversos cursos fluvials de Catalunya per a diferents administracions i/o entitats. Aquests seguiments inclouen mesures de cabal, temperatura, oxigen dissolt, pH i conductivitat així com l’avaluació de la qualitat de l’aigua a partir dels macroinvertebrats aquàtics i les diatomees com a bioindicadors fluvials, la caracterització del bosc de ribera i de l’hàbitat fluvial mitjançant índex específics com l’índex de Qualitat del Bosc de Ribera (QBR) o l’índex d’Hàbitat Fluvial (IHF).
Es porten a terme, també, projectes d’avaluació de la biodiversitat associats a la restauració del bosc de ribera. Aquests projectes estan associats als projectes de custòdia i restauració fluvial i es duen a terme d’acord amb els propietaris i gestors dels espais.
