La col·lecció de ciències naturals del Museu del Ter, amb més de 3.200 registres, procedeix principalment de l’activitat de recerca del Centre d’Estudis dels Rius Mediterranis (CERM-UVic), àrea ambiental del museu. Des de l’any 2001 el CERM fa estudis d’avaluació de l’estat ecològic i poblament de macroinvertebrats aquàtics i peixos dels cursos fluvials i guarda totes les mostres obtingudes durant aquests mostreigs. De tots ells se n’ha fet una revisió taxonòmica, se n’han catalogat els individus o les comunitats faunístiques i s’han incorporat a una base de dades.
Tenen especial interès les col·leccions procedents de l’antic Gabinet de ciències naturals del Seminari de Vic; l’any 2013 es va signar un conveni entre les dues entitats i des de llavors el Museu es fa càrrec de la seva conservació. Entre els materials dipositats destaquen 63 espècimens minerals d’origen divers, 27 espècimens fòssils corresponents a l’Eocè de la plana de Vic i un herbari compilat, sobretot, per Francesc d’Assís Aguilar i Joaquim Salarich, entre els anys 1842 i 1879.
Herbari del Seminari de Vic
Mostra de macroinvertebrats aquàtics del riu Ter a les Masies de Voltregà
Xinxa d’aigua – Aphelocheirus estivalis
Tritó palmat – Lissotriton helveticus