Com a entitat de custòdia fluvial el CERM és entitat fundadora -i membre- de la Xarxa per a la Conservació de la Natura (XCN). Està inclòs dins l’Estratègia de Reforçament de les entitats de custòdia del territori (ERxct). Forma part i ha coordinat el Grup de Treball de Custòdia Fluvial de la xct, format per entitats que treballen per impulsar la custòdia de rius i zones humides als territoris de llengua i cultura catalanes.
El CERM intervé i impulsa iniciatives de custòdia del territori per tal de portar a terme acords que garanteixin la conservació d’espais amb grans valors naturals, culturals o paisatgístics. Impulsa acords de custòdia, és a dir, pactes escrits o verbals amb propietaris, ajuntaments o altres institucions, per conservar i gestionar espais fluvials.