Usant molaris (doc in catalan)

Aquest document va ser preparat per a les pràctiques de 4rt de biologia de la UPF, i per tant hi ha moltes dependències respecte aquella informació. Tot i així, és una bona introducció a treballar amb MOLARIS.

Manegant fitxers i llançant càlculs

Copia i transferència de fitxers

  • per transferir fitxers fem servir 
sftp usuari@màquina

i posem el corresponent password

  • si volem transferir-los amb un simple procés de còpia fem 
scp fitxer usurai@màquina:/path/del/directori/on/hagi/danaraparar

Crear fitxers d’input

  1. Executem molaris en forma interactiva, per tal de veure quines instruccions necessitem per a un exercici determinat. Això crea com material adicional un fitxer anomenat molaris.runXXX que podem usar com patró per escriure un input més específic, diem-ne fitxer.inp
  2. Executem molaris en forma de línia de comanda fent: molaris fitxer.inp fitxer.out. Això crea un directori output/fitxer on aniran a parar els resultats

En el cas que funcioni la cua de la màquina de càlcul, feu:

  1. feu: source /cbbl/soft/LSF/profile.platform
  2. Si volem usar el sistema de cues només ens cal fer: bsub -q short molaris fitxer.inp fitxer.out

Si no és així, envieu-me un missatge indicant el vostre directori i el nom de l’input fitxer.inp que hàgiu creat.

Seguiment de resultats

Els resultats de l’exemple anterior anirien a parar a ./output/jordi/jordi.out i per veure com va anant el càlcul podeu fer

tail -f ./output/jordi/jordi.out

Tipus de resultat interessant a extreure’n

RMSD

Per obtenir l’RMSD d’una dinàmica, el més simple és extreure el valor de l’output creat dins del directori output/fitxer. En el cas de l’exemple, faríem

cd output/fitxer
grep rms fitxer.out > dades_rmsd.out

el fitxer dades_rmsd.out conté les línies amb els valors d’rmsd. Fixa’t que en realitat conté dos valors diferents d’rmsd:

(...)
rms of all protein heavy atoms       for (x_average-x0) =          1.21
rms of all protein heavy atoms       for (x_current-x0) =          1.25
rms of all protein heavy atoms       for (x_average-x0) =          1.21
rms of all protein heavy atoms       for (x_current-x0) =          1.27
(...)

Si vols quedar-te només amb un sol valor fés, millor

grep x_current fitxer.out > dades_rmsd.out

Un cop tens aquest fitxer pots importar-lo a open office o usar gnuplot (si estan instal.lats a les màquines on treballes) per poder fer un gràfic d’aquests valors.

Energies

fent un procediment similar al punt anterior, però ara 

grep etot fitxer.out > dades_energia.out

PDB després de la relaxació

Simplement, al final de la dinàmica, feu

analyze
    makepdb
        residues all+w                         #o el que volgueu
        file_nm estructura_final.pdb
    end
end

i tindreu un nou PDB amb la informació requerida

Altres

A md_parm teniu unes keywords que us permeten crear un fitxer anomenat movie.dat a mesura que es fa la dinàmica. Un cop acabada, podeu entrar a analyze:viewmovie i seguir les instruccions per obtenir una película de la dinàmica podeu fer un seguiment d’alguna distància a mesura que es fa la dinàmica. Mireu com fer-ho a enzymix:relax:md_parm fent 

help dist_write_fq

Trucs

  • Si la dinàmica peta per alguna raó, podeu recuperar el resultat si llegiu el fitxer de restart. Podeu crear un fitxer de restart amb un nom específic si, dins de enzymix:relax feu
rest_out fitxer.rest

Després només cal que llegiu el fitxer de restart allà on us deixi fer-ho el programa (en principi a analyze i a enzymix:relax) fent

rest_in fitxer.rest

tot tenint en compte on teniu el fitxer de restart que heu generat abans
En alguns casos tindreu àtoms que es toquen i que voleu minimitzar, per després començar a fer una dinàmica poc a poc. Aqui teniu un protocol per fer això (si el fitxer d’input es digués jordi.inp):

achuma.pdb
enzymix
   relax
      md_parm
         nsteps 500
         ex_w_center 108.229 54.017 50.777
         water_r 20
         steep_mini 1
     end
     rest_out achuma_mini.rest
   end
end
enzymix
   relax
      md_parm
         temperature 10
         nsteps 5000
         ex_w_center 108.229 54.017 50.777
         water_r 20
     end
     rest_in ./output/jordi/achuma_mini.rest
     rest_out achuma_10.rest
   end
end
enzymix
   relax
      md_parm
         temperature 50
         nsteps 5000
         ex_w_center 108.229 54.017 50.777
         water_r 20
     end
     rest_in ./output/jordi/achuma_10.rest
     rest_out achuma_50.rest
   end
end
enzymix
   relax
      md_parm
         temperature 150
         nsteps 5000
         ex_w_center 108.229 54.017 50.777
         water_r 20
     end
     rest_in ./output/jordi/achuma_50.rest
     rest_out achuma_150.rest
   end
end
enzymix
   relax
      md_parm
         temperature 300
         nsteps 50000
         ex_w_center 108.229 54.017 50.777
         water_r 20
     end
     rest_in ./output/jordi/achuma_150.rest
   end
end
end