Curs 2017-2018: Oferta de projectes del grup BEM per a beques de col·laboració del ministeri
Estudiants de l’últim curs de grau, de l’últim curs de segon cicle o de primer curs d’un Màster Universitari oficial que desitgin compatibilitzar els seus estudis amb la prestació d’una col·laboració al departament dels seus estudis
Quantia 2000 euros. La dedicació és de 500 hores, 3 horas diaries durant 8 mesos. Part de les hores de dedicació poden ser no presencials.
Nota mitjana mínima 7,7 (requisit per a estudiant de Ciències o Ciències experimentals)
Convocatoria 2017-2018 pendent de publicar. Data prevista per presentar sol·licituds: 15-9-2017. Vegeu la convocatòria anterior: Convocatòria 2016-2017
Proposta projecte per a beca col·laboració del ministeri
Títol: Desenvolupament de processos per l’anàlisi de dades interactòmiques
IP del projecte: Narcis Fernandez (narcis.fernandez@uvic.cat)
Resum: La interacció entre proteïnes defineix la seva funció cel·lular tant en processos normals com en malalties. Recentment hem desenvolupat una plataforma computacional per l’anàlisi d’interaccions de proteïnes: InteractoMIX (http://interactomix.com) amb clara aplicació en biomedicina. Fent ús d’InteractoMIX, l’objectiu principal del projecte proposat és el desenvolupament de processos (workflows) per combinar les diferents eines computacionals per desenvolupar tasques complexes d’anàlisi de dades interactòmiques amb aplicació a biomedicina. Aquests workflows s’implementaran dins de la plataforma bioinformàtica Galaxy (https://galaxyproject.org), amb una interfície gràfica molt ben establerta que fa els requeriments de coneixement de programació no siguin un factor limitant.
Proposta projecte per a beca col·laboració del ministeri
Títol: Plataforma de recursos per a la integració de dades òmiques
IP del projecte: Malu Calle http://mon.uvic.cat/bms/members/malu/
Resum: La reducció del cost en l’obtenció de dades genètiques i moleculars (dades òmiques) ha fet que en un mateix estudi es puguin recollir dades moleculars molt diverses (genòmiques, epigenòmiques, transcripòmiques, proteòmiques, metabolòmiques, etc.). L’análisi conjunta d’aquesta informació requereix de tècniques específiques d’integració de dades òmiques. L’objetiu d’aquest proyecte és l’estudi, implementació i comparació de mètodes bioinformàtics d’integració de dades capaços de relacionar diferents tipus de dades òmiques. El desenvolupament d’aquest projecte requereix un estudi bibliogràfic inicial sobre els principals mètodes d’integració de dades òmiques. A partir d’aquest estudi bibliogràfic es seleccionaran els mètodes més prometedors i s’implementaran sobre dades reals. També es dissenyarà un estudi de simulació per poder avaluar objectivament les diferents metodologies.
Altres col·laboracions amb el grup BEM:
| Curs | Línia de Recerca | Responsable | Descripció | Perfil estudiant – Coneixements previs |
| Tancada | Cerca de biomarcadors. Anàlisi de Dades Òmiques | Malu Calle | Cerca de biomarcadors moleculars en càncer a partir de l’anàlisi de les dades òmiques disponibles al THE CANCER GENOME ATLAS: Identificació de gens diferencialment expressats, regions diferencialment metilades i la seva relació amb mutacions o polimorfismes genètics | Estudiants biociències (3r o 4rt) o bé TFG. Coneixements d’R |
| Oberta | Divulgació i formació en Bioinformàtica | Malu Calle | Projectes sobre divulgació i formació en Bioinformàtica a Batxillerat: preparació de material educatiu i implementació en entorn web | Estudiant (equip d’estudiants) de qualsevol curs de biociències. Possibilitat de participació d’estudiants de Multimedia (TFG). Treball de recerca estudiants batxillerat |
| Oberta | Biomarcadors i dianes terapèutiques en càncer | Joan Bertran | Paper nuclear de la proteïna IkB-alpha | Estudiants de 4rt curs o amb el 3r acabat. Pràctiques Erasmus |
| Oberta | Creació de scripts (bio-Python) | Luis Agulló | Desenvolupament de petits scripts en Python (dirigits a l’anàlisi estructural de proteïnes i/o la preparació d’estructures per simulacions de dinàmica molecular). | TFG, pràctiques externes, i/o col·laboracions (des de segon curs) |
| Oberta | Anàlisi estructural de proteïnes | Luis Agulló | Anàlisi de dades estructurals de proteïnes. S’utilitzaran eines bàsiques en bioinformàtica estructural (visualitzadors d’estructures moleculars, programes d’alineament i modelatge, programes de docking, etc.). | TFG, pràctiques externes, i/o col·laboracions (des de segon curs) |
| Oberta | Josep M. Serrat | Anàlisi de l’evolució molecular de seqüències reguladores a H. sapiens: S’aplicaran les tècniques computacionals i estadístiques que permeten la identificació de selecció positiva en seqüències reguladores amb l’objectiu de comprendre quines regions del genoma han estat més rellevants en l’evolució del llinatge humà. | TFG. Bon nivell programació | |
| Oberta | Bioinformàtica estructural | Jordi Villà i Luís Agulló | Visualizing 3D structures of proteins and nucleic acids through a webGL-based on-line tool | TFG o bé estudiants d’enginyeria, multimèdia o biotecnologia amb bon nivell de programació |
| 2016-2017 | Cerca de biomarcadors. Anàlisi de Dades Òmiques | Malu Calle | Cerca de biomarcadors moleculars en càncer a partir de l’anàlisi de les dades òmiques disponibles al THE CANCER GENOME ATLAS: Identificació de gens diferencialment expressats, regions diferencialment metilades i la seva relació amb mutacions o polimorfismes genètics | Estudiants biociències (3r o 4rt) o bé TFG. Coneixements d’R |
| 2015-2016 | Cerca de biomarcadors. Anàlisi de Dades Òmiques | Malu Calle | Develop a R library for the identification of differentially methylated regions using Kernel regression | Final Master Project. Master in Omics Data Analysis |
| 2015-2016 | Cerca de biomarcadors. Anàlisi de Dades Òmiques | Malu Calle | KERNEL METHODS FOR EXPRESSION QUANTITATIVE TRAIT LOCI (EQTL) IDENTIFICATION IN CANCER: Application of Kernel methods for the identification of methylated regions that are associated with differentially genetic expression. Comparison with standard univariate approaches |
Pràctiques Erasmus |
| 2015-2016 | Josep M. Serrat | Redacció d’un manual d’ús de la base de dades “1000 Genomes”: 1) origen i les característiques de les seqüències, 2) com accedir als alineaments, 3) com analitzar diferents tipus de polimorfismes en diferents tipus de regions del genoma i 4) com calcular els paràmetres habituals en genètica de poblacions. El tipus d’informació que es pot extreure de la base de dades s’il·lustrarà mitjançant l’anàlisi de la sequència del gen NTRK2. | Pràctiques Erasmus | |
| 2014-2015 | Cerca de biomarcadors. Anàlisi de Dades Òmiques | Malu Calle | Combined biostatistics and bioinformatics analyses to identify epigenetically regulated host factors associated with control of HIV disease progression |
Treball Fi de Grau Biotecnologia |